Helixfold

Білок моделюється як ланцюг гідрофобних (H) і полярних (P) залишків на 2D решітці. Гідрофобні сусіди, які розташовані поруч, не будучи зв’язаними, знижують енергію. Ваша мета — скласти ланцюг так, щоб залишки H утворили компактне ядро, і ви досягли оптимальної енергії.

• Натисніть на залишок, щоб повернути хвіст ланцюга навколо нього.
• Почергово клацайте той самий залишок, щоб повернути в протилежному напрямку.
• Використовуйте кнопку «Обертання», щоб змінити напрямок повороту за замовчуванням (за/проти годинникової стрілки).
• Досягніть доведеного мінімуму енергії для ланцюжка, щоб виграти головоломку.

• Робочий стіл: клацніть залишки, щоб повернути, клацніть ще раз, щоб повернути, увімкніть «Обертання» та скористайтеся «Скинути», щоб вирівняти.
• Телефон і планшет: натискайте залишки, щоб повернути — повністю сенсорний.

• Підраховуйте контакти H-H, а не форму — кожна незв’язана гідрофобна пара, яка потрапляє поруч, втрачає енергію.
• Прагніть до компактної краплі, а не до довгої руки; площа поверхні, відкрита залишками H, є марною енергією.
• Коли складка зупиняється, скиньте та спробуйте спочатку засіяти ядро з найщільнішого кластера залишків H.

Helixfold побудовано на класичній гідрофобно-полярній моделі згортання білка, перетворюючи пошук складки на головоломку.

• Навички: біохімія, згортання білка, модель HP, оптимізація
• Найкраще для: середньої школи / коледжу
• Для батьків і вчителів: модель згортання білка HP.

Ланцюжок гідрофобних і полярних залишків на ґратці, де невалентні контакти H-H знижують енергію, — це HP-модель згортання білків.

Безпосереднє оцінювання енергії, а не схожості з відомою формою, — оригінальний підхід.

Енергія — правильна мета, бо саме її мінімізує природа. Гідрофобний ефект заганяє неполярні залишки всередину, і модель, що майже нічого іншого не містить, усе одно відтворює компактне ядро справжніх білків, — ось чому HP-модель живе як навчальний і дослідницький інструмент.

Helixfold побудований на класичній гідрофобно-полярній ґратчастій моделі згортання білка, перетворюючи пошук конформації з мінімальною енергією на тактильну головоломку. Це оригінальна безкоштовна браузерна гра з трьома довжинами ланцюжків і щоденними режимами тренувань.

Переглянути всі ігри →